番茄青枯病的病原为青枯假单胞菌（学名：Pseudo-monas solanacearum (Smith) Smith），属细菌。短杆状，单胞，两端圆，单生或双生，大小（0.9-2.0）微米×（0.5-0.8）微米，极生鞭毛1-3根。 [1] 病菌喜高温、高湿的环境。适宜发病的温度范围20-38℃；适发病环境，土壤温度为25℃左右，土壤pH6.6；适感病的生育期在番茄结果中后期。发病潜育期5-20天。该病原除为害番茄外，扁豆立枯病用什么药效果好，还可以侵染辣椒、茄子、马铃薯、、芝麻、花生等
内部症状因属于维管束病害，内部症状很明显。在中柱髓部及周围，有黄红色病变的维管束，成斑点状或线条状，越近茎基部病变颜色越深，根部木质导管变为红棕色，并逐渐变成黑褐色而干枯。球茎变成黑褐色并逐渐腐烂，有特殊臭味。
病原菌是真菌，尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f. sp.）。产生两种类型的分生孢子。大型分生孢子镰刀形，3～5个分隔，多数3个分隔；小型分生孢子单胞或双胞，卵形或圆形。菌核暗黑色，直径O．5～1毫米，大达4毫米。原膜孢子椭圆形至球形。此菌有4个生理小种， 以古巴生理小种 4号为严重；大密哈(AAA)对1号小种十分感病，但抗2号小种；勃拉戈(ABB)相对感2号小种；但抗1号小种；3号小种只侵害羯尾蕉；矮把香芽蕉原是抗病品种，但1976年在台湾出现4号小种，造成严重损失。
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