早熟品种中又以白色品种抗病性差。而绿皮、花皮、黄皮种群的品种抗性较好。抗病育种是防治甜瓜枯萎病的重要手段，但存在育种周期长、抗病品种资源稀少、病原菌生理小种的致病力分化且不稳定、多基因控制抗病性、遗传规律较复杂等问题，难以完全满足生产的需要。有了抗病品种，还应注意培育壮苗。选用种子，经52℃温汤浸种10分钟后催芽播种；在育苗土配置过程中，要加入土壤消毒剂，使秧苗子叶肥大，叶色浓绿，茎节粗壮、根系集中。
辣椒枯萎病的病原为尖孢镰刀菌（学名：Fusarium oxysporum），属半知菌类、从梗孢目、瘤座孢科、镰刀菌属真菌。已报道的有2种致病专化型，即尖孢镰刀菌萎蔫专化型（学名：Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum）和尖孢镰刀菌辣椒专化型（学名：Fusarium oxysporum f. sp. capsicum）。其中，在中国引起辣椒枯萎病的病原菌主要为尖孢镰刀菌萎蔫专化型，在中国北京、广西和新疆等地有关于尖孢镰刀菌辣椒专化型引起辣椒枯萎病的报道。尖孢镰刀菌人工培养的适培养基为葡萄糖马铃薯琼脂培养基（PDA），培养初期该菌先生成1层白色絮状菌丝，后期逐渐产生紫色、红色、粉色或紫红色色素；菌丝生长后期形成产孢结构，即分生孢子梗，梗上形成瓶梗状产孢细胞，上着生分生孢子，分生孢子分为大型分生孢子和小型分生孢子。小型分生孢子卵圆形至椭圆形，少数略弯，0-1个分隔，无色，数量众多，多为团生，大小为（4.0-15）微米×（1.5-4.0）微米；大型分生孢子，无色或浅褐色，长而略弯，呈镰刀状，基部有足细胞，具2-6个横隔膜，多为3个隔膜，大小不等。该病菌的分生孢子梗或菌丝可直接转化形成厚垣孢子，顶生、间生或偶尔串生，短椭圆形或圆形，直径7.5-11.3微米，淡黄色或深褐色，壁厚且光滑。尖孢镰刀菌发育适温为25-30℃，在土温28℃左右时容易侵染发病，温度高于35℃或低于17℃均不利于其发育
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