农业防治种植抗病品种：如果土壤内积累一定数量的棉花枯萎病菌，并连续种植抗病品种，发病程度大幅度下降。大力推广种植抗病的优良品种是防治枯萎病为经济有效的途径。 [1] 适时播种、起垄种植：棉花播种过早，地温低、棉苗出土迟缓、易受各种病菌侵袭，引起烂种、烂牙。出苗后又易遭寒流侵袭，降低棉苗的抗病能力，苗弱容易造成枯萎病的发生。在同等条件下，起垄种植能提早出苗3-5天，而且棉苗壮、抗逆性强。 [1] 轮作换茬：棉花枯萎病菌在土壤中存活年间长，与小麦等和谷类作物轮作，可明显减轻发病，创造不利于病菌生存的条件和空间。 [1]
单孢，椭圆或略弯，大小为2.9-3.4微米×3.5-7.4微米；1个分隔的大小为3.0-3.3微米×3.5-8.2微米。大型分生孢子着生在单瓶梗上，多数2-3个分隔；2个分隔的大小为4.3-6.4微米×22.6-31.0微米；3个分隔的大小为4.8-6.4微米×16.0-35.4微米。葡萄糖和蔗糖、钠和甘氨酸分别为该菌生长的较好碳源和氮源；病原菌在15-35℃均能生长，25-30℃生长较好，25℃生长；病原菌对pH变化有很强的适应性，在pH5.0-10.0均生长良好。
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