棉花枯萎病的防治方法主要有大力推广种植抗病的优良品种；适时播种、起垄种植；轮作换茬、增施有机肥；清除病株、控制病情。在播种前还可以进行种子消毒和土壤处理进行病害预防。在病害发生初期，还可以用化学药剂进行防治
1993年在后的一块净土澳大利亚发现该病害后，该病害已遍布世界各产棉区。在中国，棉花枯萎病的发生危害一度十分猖獗，1970-1985年期间在各大棉区严重发生，并被列为植物检疫对象。随着各地陆续出现，1990年后从植物检疫对象名单中取消
在各类型棉种中，品种之间的抗性差异也很显著。值得注意的是，由于病菌存在明显的生理分化现象，不同区域的枯萎病菌其致病力不尽相同。因此，在甲地表现抗病的品种，梨树根腐病用什么药，在乙地就不一定具有相同抗性，品种的抗病性会随着种植的年限而降低，甚至丧失
土壤线虫棉田土壤中线虫的活动与消长，与棉花枯萎病的发生密切相关。线虫在土壤中的活动，可以携带棉花枯萎病菌，使之成为近距离的传播媒介。线虫在根部的过程中，造成伤口，不仅影响棉株的生长，使其抗病性降低，而且增加了病菌侵入的机会。同时，线虫的刺吸活动及分泌物，有利于病菌的繁殖，从而导致病害加重。
首先，叶部一般出现两种萎蔫类型：一种是绿色萎蔫型（不落叶型），初期叶片表现失水状萎蔫，自叶缘向里逐渐干缩并卷曲，但不失绿，不落叶，约两周后变焦枯。叶柄皮下可见黄褐色病线；一种是黄色萎蔫型或落叶型，先自叶缘起叶肉变黄，逐渐向内发展至大部或全叶变黄，叶脉仍保持绿色，部分或大部分落叶。未落的叶干缩、卷曲，变焦枯，叶柄皮下可见黄褐色病线。其次，植物根、茎横切面上有褐色病斑，形成完整或不完整环形。剥皮后可见褐色病线，有时病线不在皮下而在木质部，这是由于浸染发生后，次生生长形成的新组织将受害部位包在里面。发病严重时导致整个植株生长势衰弱或；在发病过程中，可能或引起植株整株或部分枝杈迅速，也可能会在较长时间内持续影响植株，减缓生长速度。
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