病菌可通过中耕、浇水、农事操作等近距离传播，病残体遇高湿的条件也可长出孢子借气流或风雨传播，从而进行侵染。棉花枯萎病菌的远距离传播，主要是借助于附着在棉花种子上的病菌和带菌的棉籽饼。
棉花枯萎病是典型积年流行病。病害的发生与消长受气候条件、耕作制度、栽培管理及土壤中线虫等因素影响。 [3] 气候条件温度和湿度是影响枯萎病发展的主要因素。通常当土壤温度达20℃左右时，田间棉苗开始发病，其后随着土温的升高，病情逐趋加重，棉花软腐病什么原因，当达25-30℃时，形成发病高峰。夏季当土温升高到33-35℃时，病害停止发展，秋季随着温度的下降，田间可岀现第二次发病高峰。
该病常与沤根症状相似，属真菌病害。病菌在土壤中和病残体上过冬，一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件。育苗地土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻，也易发病。另外，根部受到地下害虫、线虫的危害后，伤口多，有利病菌的侵入。在此环境下，不仅采取播种、扦插的草本花卉易受害，采取扦插、分株、压条繁殖的月季、木芙蓉、扶桑等木本花卉也易发病。
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