早在1892年，Hansen报道了在美国的阿拉巴马州发现棉花枯萎病，随后该病逐渐向美国各地蔓延，并随着时间的推移逐步扩散到。1934年黄方仁报道在江苏南通发现棉花枯萎病，这是该病害在中国发生的报道。1935年后随着推广种植美国引入的斯字棉4B，该病害开始在中国蔓延。20世纪50年代初，棉花枯萎病只零星发生于陕西、山西、江苏等10个省的局部地区。随后病害蔓延扩展，危害日益严重，遍及辽宁、河北、河南、山东、山西、陕西、北京、天津、甘肃、宁夏、新疆、云南、贵州、四川、湖北、湖南、安徽、江苏、浙江、江西和上海等21个省、市、自治区，1970年该病在陕西、四川、江苏、云南、山西、河南等省严重危害。
病菌主要以菌丝、厚垣孢子和菌核在土壤和带菌肥料中越冬，病菌在土壤中存活6年，初侵染的主要来源。种子内外带菌率很低，是次要的初侵染来源。病菌通过根部或根毛顶端细胞间侵入。进入维管束后，因堵塞导管而使植株萎蔫，或分泌使植株。枯萎病是土传的系统害，再侵染也能造成局部危害，但不起主要作用。重茬连作、耕作粗放、整地不平、平畦密植、偏施氮肥、施肥不足、土壤偏酸、土壤线虫和地下害虫 防治不力等，都能加重病害的发生。成株期间气候温暖多雨，或浇水频繁、水量过多，或雨后排水不良，都利于病菌的繁育和侵入，而且使其潜育期缩短，病害容易蔓延及流行。
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