依据代谢物质的有无或多少来显示病原菌侵染植物的过程。荧光蛋白标记病原菌结合激光共聚焦扫描显微镜观察可以揭示在亲和与非亲和状况下病原菌侵染过程的组织学和细胞学特征，可以比较病原菌侵染不同抗性种质的差异或不同小种侵染同一种质的差异。但是尚不清楚孢子如何地粘附到植物表面，是被物理的或化学的信号刺激，还是孢子与植物表面存在着非常专化的相互作用，有待进一步的研究。
棉花枯萎病在苗期和成株期可表现出多种明显不同的症状，各生育期症状的共同特点是维管束出现深褐色条纹，但以定苗后至现蕾阶段发病盛，随着夏季温度的升高，病势发展稍趋缓和，症状出现隐蔽现象，至秋季多雨，气温下降，再度出现发病高峰，但较个发病高峰不明显，且有的年份出现，有的年份不出现。幼苗期为发病高峰期，棉苗在大田中，遇气温较低时，病株会出现紫红型或黄化型，而在气温急骤变化的条件下，如雨后迅速转晴、变暖、日照暴晒强烈，则容易出现青枯型的病株。
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