棉花枯萎病菌主要分布在20厘米内的土壤中，因此，深翻土壤，具有一定减轻病害的作用。棉田精耕细作，底肥充足，施肥合理，棉株生长健壮，根系发育好，抗病性增强，对控制和减轻病害具有明显作用。 [3] 棉田地势低洼，整地粗放，排水不良，土壤湿度大，不利于棉花生长，有利于病害发生和发展棉花品种棉花不同的种或品种对枯萎病的抗性表现出明显差异。一般中棉抗性较陆地棉强，木棉和海岛棉较感病。
轮作：与非瓜类作物实行3-5年的轮作倒茬是防治甜瓜枯萎病的重要农业措施。茬口以选择小麦、豆类、休闲地，其次是棉花、玉米等。此外，采用洋葱和大蒜作为轮作物，可明显减轻甜瓜枯萎病的为害，也可实行水旱轮作，选择中性或微酸性的砂壤土种植。 [2] 加强栽培管理：加强栽培管理是重要的农业防治手段。主要措施包括合理施用磷、钾肥和充分腐熟的肥料；适当中耕，提高土壤透气性，促进根系粗壮，增强抗病力；小水沟灌，适当控制浇水，保持土壤半干湿状态，忌大水漫灌，及时清除田间积水；发现病株及时拔除，收获后清除病残体，减少菌源积累。
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