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无尘车间的洁净度往往受到气流的影响，即人、机器隔间、建筑结构等所产生的尘埃之移动、扩散受到气流的支配。无尘车间所利用过滤器过滤空气，其尘埃的收集率达99.97~99.99995%之多，因此经过此过滤器过滤的空气可说十分干净。然而洁净室内除了人以外，尚有机器等之发尘源，这些尘埃一旦扩散便无法保持洁净空间，因此必须利用气流将发生的尘埃迅速排出室外。为了防止再次进入和往返作业对无尘车间造成交叉污染，人员在作业中途和作业宽毕均应按规定的顺序退出无尘车间。

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无尘车间厂房位置选择应符合下列规定，萧山无菌室，并经技术经济方案比较后确定：1、应在大气含尘和有害气体浓度较低、自然环境较好的区域2、应远离铁路、码头、飞机场、交通要道以及散发大量粉尘和有害气体的工厂、仓储、堆场等有严重空气污染，振动或噪声干扰的区域，当不能远离严重空气污染源时，应位于1大频率风向上风侧，或全年小频率风向下风侧3、应布置在厂区内环境清洁，人1流、物流不穿越或少穿越的地段4、对于兼有微振控制要求的无尘车间厂房的位置选择，应实际测定周围现有振源的振动影响，并应与精密设备，精密仪器仪表容许振动值分析比较后确定5、无尘车间厂房新风口与交通干道边沿的近距离宜大于50M6、无尘车间厂房周围宜设置环形消防车道，也可沿厂房的两个长边设置消防车道7、无尘车间厂房周围的道路面层应选用整体性能好，发尘少的材料8、无尘车间厂房应进行绿化，可铺植草坪，不应种植对生产有害的植物。