提供结构、功能信息：小动物磁共振成像除能显示组织的结构病变外，还能同时无创的进行功能成像，反映组织的不同功能和特征。例如进行磁共振波谱成像可以获得感兴趣区域内源性代谢物的信息，采用弥散张量成像可以获得脑组织中白纸纤维束的走向和完整性等信息。
对运动敏感：小动物磁共振成像对运动特别敏感，由于动物不能像人一样自主憋气，因此在对腹部脏器如肝1脏、心脏等易受呼吸和心脏搏动影响的脏器进行检测时，需要配合使用呼吸门控和心电门控，以消除图像运动伪影。
灌注加权成像能够反映血液在组织中流动时的流动状态，9.4T MRI，并能够对血液流动过程中的某些血流动力学参数进行无创评估。PWI技术按有无外源性造影剂，可分为造影剂首显像和血管成像两种。通过法 MR PWI可按造影剂用量、T1/T2弛豫时间等因素，可分为两类，一类是动态磁敏增强（DSC-MRI)，另一类是动态磁敏增强（DCE-MRI）。
DSC-MRI能反映脑梗死后T_1值的改变，并能反映脑梗死后缺血面积及严重程度。常见的评估指标有：达峰时间（topic top tumor temperature， TTP）、平均通过时间（method temporal time， MTT）、相对脑血流（rCBF， rCBV）等；DCE-MRI与T2*值的变化有关，DCE-MRI主要用来评估血管的通透性，其相关的评估参数有体积传递常数（Ktrans）、回流速率常数（Vp）等。ASL使用动脉血中水质子作为内源性示踪剂，不需要注射对比剂，安全无创，但该方法评价参数较少，只能得到CBF值（每100g组织每分钟通过的血流量ml）。
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