含氯消毒剂在处理原水时会有大量的卤代烃产生，包括三卤如以及氯代酚和等有机卤代物，已被美国国家研究所确认为致癌物质。
其次绝大多数含氯消毒剂刺激性强，气味重，腐蚀性强，一般稳定性也差。无表面活性作用：无增效。
含氯消毒剂可以用于疫源地消毒，消字号产品检测，户外环境、车辆、无人房间消毒、以及废弃物消毒。
含碘类消毒剂是以碘为主要杀菌成分制成的各种制剂。碘伏(Iodophor)－缓释型消毒剂：是碘与表面活性剂(载体)及增溶剂等形成稳定的络合物。安全、无毒、无刺激、缓释。溶于水，无需脱碘。
碘伏有非离子型、阳离子型及阴离子型三大类；其中非离子型碘伏是使用泛、安全的碘伏，尤其聚维酮碘(PVP-I)，我国及药典都已收入在内。
主要用于皮肤黏膜创口消毒、手术灭菌消毒。也可用于环境喷雾消毒。
消毒实验室的基本要求
检验机构的微生物实验室应采取封闭式布局，建筑应便于清洁、消毒。为避免污染应在相对正压洁净条件下进行，但有时因特殊需要，用致病菌作指示菌时，则应在生物安全柜（负压）内进行。对无菌产品的无菌检查试验，必须在100 级洁净度的实验室，或100 级层流操作柜中进行。
无菌操作的基本要求
（1）试验开始前，应以湿式方法清洁台面和打扫室内地面，然后以紫外线或其他方法对实验室内空气进行消毒；
（2）实验人员应穿戴工作服、口罩、帽子；进行无菌检验时，需经风淋后进入实验室，然后，正确穿戴好无菌隔离衣、帽和口罩；
（3）每吸取一次不同样液应更换无菌吸管，接种环（针）需在火焰上烧灼灭菌后，才可再次使用；
95%的酒精能将细菌表面包膜的蛋白质迅速凝固，并形成一层保护膜，阻止酒精进入细菌体内，因而不能将细菌。若酒精浓度低于70%，虽可进入细菌体内，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌。只有70%-75%的酒精即能顺利地进入到细菌体内，又能有效地将细菌体内的蛋白质凝固，因而可细菌。因此，WHO推荐含量70%-75%的乙醇作为手消毒剂。
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