有机肥则是利用畜牧养殖业的排泄物或一些农作物林业废弃物进行无害化处理后的一种肥料。但它成为肥料之前必须经过微生物发酵来将有机大分子降解成可供植物吸收的无机小分子，所以后和化肥的形式差不多。只不过有机肥的营养成分更全，昆明微生物有机肥批发，毕竟是有生命有机体残体还原而来的，而化肥的肥力足。所以只用有机肥的农作物也有可能出现生长不好的情况。两者若结合使用则不仅充分利用两者的肥力而且还可减少环境污染。
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微生物学过程
好氧发酵的微生物学过程可大致分为三个阶段，每个阶段都有其的的微生物类群：
其中，产热阶段(中温阶段，微生物有机肥，升温阶段)
发酵初期(通常在1-3天)，肥堆中嗜温性微生物利用可溶性和易降解性有机物作为营养和能量来源，迅速增殖，并释放出热能，使肥堆温度不断上升。此阶段温度在室温至45℃范围内，微生物以中温、需氧型为主，通常是一些无芽胞细菌。微生物类型较多，主要是细菌、真菌和。其中细菌主要利用水溶性单糖等，和真菌对于分解纤维素和半纤维素物质具有特殊的功能。
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首先发酵腐熟后的有机肥可以疏松土壤，提高土壤的保水能力和透气性，在冬前施入时还能有效的提高地温。此外有机肥还能提高其它化学元素肥料的利用率，降低各元素肥料之间的拮抗作用。然后有机肥本身还含有充足的养分，有助于给植株均衡养分供给。
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