太阳能采暖的缺点就是受地区、季节、昼夜以及阴雨天等这些自然因素的影响，存在较大的不稳定性。所以说在太阳能采暖建筑中，必须借助辅助热源，保证太阳能采暖的稳定、连续的供应。辅助热源的选择是根据当地的太阳能资源以及太阳能采暖系统的工况选择的，要对当地的建筑热负荷及其环境等因素做综合性的分析来确定合适的辅助热源的。一般的辅助热源有锅炉、热泵、电热管、生物质锅炉及地源热泵等。
采用燃气炉辅助，只需把太阳能出热水口接入燃气炉进水口处即可。如果采用燃煤炉，青海太阳能热水工程，按以上连接方法使可。目前对小面积采暖一般不采用。如大面积采暖，在有条件的地区方可采用燃煤炉辅助。
经过使用对比，目前太阳能采暖采用电加热配合使用。电加热器具有加热快，使用方便，控制简单等特点。对电加热棒的选择，单个功率低，散热电l棒长，可相对延长使用寿命，目前市场上出售的有铜和不锈钢，使用中并没有大的差异。其功率的选择，分别有4kW、9kW、10kW 和12kW，家庭一般采用220V电压为佳，要是大面积的采暖面积，需要380V电压为佳。总之要根据采暖面积大小确定，如100m2采暖面积可安装4kW~6kW 各一个即可，并可调节使用。
由于太阳能热密度低，大型太阳能热水工程，集热温度不是很高，达不到普通散热器的温度要求。因此，在太阳能采暖系统中，地板辐射采暖作为末端太阳能采暖系统较好的方式之一。太阳能集热器所释放的温度正好适合地板采暖所需要的温度。据了解到从生理学上考虑，工业太阳能热水工程，梯度散热的地板采暖更适合人体生理的舒适感。在夜间室内需要的热量大，宾馆太阳能热水工程，但是夜间无太阳辐射，所以地板采暖zui适合作为采暖末端了。目前，地板采暖在太阳能采暖系统中应用的更为普遍。
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