20世纪20年代，又有一些新的微生物制剂用于大田土壤和农作物，但效果不甚理想。20世纪40年代，美国颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。
1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。现在其在持续农业中仍然发挥着巨大的作用。
工厂化无害化处理
如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到百分之20～百分之30。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～lOO摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。
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