进行μ-CT扫描的常见方法是使用传统的微聚焦X射线管。与所有X射线管一样，当高能电子在固体金属阳极中停止时，就会产生X射线：X 射线是电子在电位差作用下加速所获得的动能转化为电磁辐射的结果，这是碰撞和辐射相互作用的结果。通常会产生一束多色发散光束，并从中选择一个锥形固角。
除了DXA，还有其他一些方法可以用于动物体成分分析，比如生物电阻抗法（BIA）和化学分析法等。然而，这些方法可能存在一些缺点，如测量结果误差大、适用范围小或易受影响等。
近年来，基于低场核磁共振的分析技术被引入到小动物身体成分分析中。这种技术非常适合于小动物的身体成分分析，能够在小动物清醒、无束缚状态下快速、准确、定量地测量其脂肪、瘦肉及体液含量。这种技术不仅简化了实验过程，还减小了对实验动物的伤害，使其成为一种非常实用的分析方法。
一般来说，μ-CT系统通常采用数字平面二维探测器；常用的是电荷耦合器件 (CCD)系统，该系统使用闪烁屏，通过光纤束耦合，双能x射线骨密度，将X射线转换为可见光子。
近，基于互补金属氧化物半导体（CMOS）技术的新型探测器问世，并应用于小动物体内成像系统。下表列出了分辨率和体素尺寸小于1 μm的亚微米和纳米CT系统。
限制X射线源亮度的一个问题是阳极的热负荷，它会导致阳极局部熔化。液态金属喷射阳极（MetalJet）技术的出现解决了这一问题，该技术通过高速喷射的薄液态金属取代了传统的阳极，从而克服了这一限制（图4）。
在这种情况下，阳极的熔化不再是问题，因为阳极已经熔化。使用这些系统获得的亮度比固体阳极X射线管高一个数量级，电子束功率密度可以高出十倍，并且可以获得足够的空间相干性，从而可以使用相位衬度成像技术。
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