其具体方法如下：
（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精百分之30～百分之35）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人、畜粪便风干至含水量为百分之30~百分之40。
（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，并在水泥地上铺成长约6米、宽约1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
制作难点
（1）一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮基因等），有机菌基材厂，但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资；
（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，万安有机菌基材，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到；
（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
发展趋向
由于现在农业的现代化水平越来越高，有机菌基材电话，越来越受到了人们的重视。随之重视的便是生态农业。因为只有生态的农业才能生产出生态的食品。在这一方面，无论是从国家政策支持的力度上，还是在实际的行动中，国家都对此投入大量的支持。现在我们所了解的有机肥的广泛应用就是一个好的说明。可以说，有机肥以后将逐渐取代其他的肥料，而成为农作物生长中的一个所需的肥料。
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