除了结构性影像，其他的影像学都可以被称为功能影像学。脑功能成像是一种基于血氧浓度依赖性（BOLD）的脑功能成像技术，其基本原理是通过脑内血氧饱和度的改变来反映脑功能状态。按其实施方式可分为两类：静息态（Resting-state fMRI，rs-fMRI）和任务态（Task fMRI，tfMRI）。
因为动物难以完成某些具体的工作，所以在小动物中，小动物mri价格，常用的方法就是静息态的研究。所谓的静息态，就是在没有任何介入的情况下，将动物放入核磁1共振仪中，对其进行扫描。目前，已有的研究主要集中在静息态，即低频段（ALFF）和局部一致性（ReHo）等。另外，基于动物静息态数据我们还可以通过计算不同脑区BOLD信号的相关系数研究大脑功能连接（Functional connection，FC)，更深层的基于功能连接的网络图还可进行图论相关指标的分析，如小世界“（small world）属性、“富人俱乐部”（rich club）等。目前，在阿尔兹1海默症和帕金1森病等与学习记忆和认知功能障碍有关的动物模型中，应用多的小动物功能影像学。
小动物CMR提供无创、高分辨率的关于心脏解剖、功能、心肌灌注和活性的信息，近年来已经越来越多的地应用于临床。同时，利用MR对小型实验动物，特别是小鼠进行心脏成像也进行了诸多的探索和应用研究，特别是(transgenic)小鼠和基因敲除(knockout)小鼠可以用来进行心脏疾病的基因和分子生物学研究。但目前常规手段，包括超声心动图、组织切片、组织化学、导管介入测量等都存在较明显的不足，这就更为小鼠CMR成像带来了广阔的应用前景。
iPS治1疗帕1金森
模型：中度PD猕猴模型
显像方式：3T MRI，PET；其中18F-DOPA反映多巴胺递质的合成情况；11C-PE2I反映多巴胺转运体（DAT）的含量。意义：这项使用灵长类动物模型的临床前研究表明，人类iPS细胞诱导的多巴胺能祖细胞在临床上适用于治1疗PD患者。
脑血管反应性检测
模型：HD转1基因小鼠。
显像方式：7T MRI； BOLD功能性检测。
意义：研究表明，易于发炎的HD星形胶质细胞通过促进血管生成和减少周细胞的数量导致血管较少的周细胞覆盖，并且这些变化可以解释HD小鼠中较差的脑血管反应（VR）。 由此导致的VR受损可能会阻碍脑血流动力学并增加HD进展期间的脑1萎缩。
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