植物根系的分枝结构是植物生命力的决定因素，根系的生长形态与植物的土壤环境和植物的基因型息息相关，因此根系的3D形态学分析是评估不同植物竞争优势的重要工具。由于植物的根生长在各种不透明的媒介中，小动物CT，这成为限制观察植物根系在土壤中的生长情况的主要因素，是获得原位的根系生长情况的一个巨大挑战和障碍。传统的洗根扫描法能够清晰地展现根系，但却破坏了其原有的状态；微根窗法能够解决原位测量的问题，但却无法展示探索土壤内部的根系分布。 
Micro-CT 研究牙种植体的根尖定位
口腔种植手术是将人工材料制成的牙种植体植入颌骨内，牙移动小动物CT，即我们所熟知的植牙。牙种植体的放置位置是非常重要的，小动物CT髁突，种植体的垂直 (顶冠) 位置可能会造成边缘性骨丢失。对于较薄的牙槽脊或不规则的牙槽骨顶，牙种植体的螺纹并不总是完全淹没在牙槽骨中。另外，牙种植体表面处理技术所形成的表面微观形态与理化性能，是影响骨结合的主要因素。
1. 空间分辨率(Spatial resolution)在高对比度情况下，髁突小动物CT，能区分相临小的物体的能力，所以也称高对比度分辨率，受系统几何参数的影响，决定了影像的清晰度。空间分辨率 = 高对比度分辨率
显微CT系统能够达到的空间分辨率，常常被引述为小的像素尺寸（也命名为“标称分辨率”）。但是，真实的空间分辨率不仅取决于图像中的像素大小，还受到X射线源焦点尺寸、平板探测器像素大小、系统结构设计、系统机械精度和重建校正算法处理等因素的影响。
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