如今，许多μ-CT系统都能达到分辨率低于1μm的范围内，体素尺寸低于0.1 μm。样品相对于光源和探测器的位置可以改变，以调整放大率和分辨率；但是，由于样品必须在视野内，因此位置总是样品大小和空间分辨率之间的折衷。
传统的μ-CT光源主要用于吸收模式，因为产生的光束不具有足够的相干性来获得相位衬度。
用于μ-CT系统的探测器照相机可根据其是否具有分辨X射线能量的能力分为两类。种情况是光谱 CT，双能x射线骨密度，由于单光子计数探测器取得的进步，近在μ-CT系统中引入了这项新技术。在大多数情况下，探测器只是对所有 X 射线能量进行积分。
双能X射线动物身体成分分析是一种利用双能X射线技术来评估动物体内不同组织成分的方法。这项技术通过测量不同能量X射线在动物体内的吸收情况，从而得出动物体内各种组织，如骨骼、肌肉和脂肪等的含量和分布。
在双能X射线动物身体成分分析中，一般使用两个不同能量的X射线束。低能量X射线束主要用于检测骨骼等高密度组织，而高能量X射线束则用于检测肌肉和脂肪等低密度组织。当这些射线束通过动物体时，它们会被不同组织以不同的方式吸收。通过测量这些吸收射线的强度，研究人员可以了解不同组织对X射线的吸收特性，进而分析出动物体内的组织成分。
营养学研究：小动物双能X线技术可用于研究不同饮食或营养补充对小动物骨骼和身体成分的影响。通过比较不同饮食组或营养干预组小动物的双能X线扫描结果，研究人员可以了解营养因素对骨骼健康和代谢的影响。
转’基因动物模型研究：对于转基’因动物模型，小动物双能X线技术可用于评估特定基因对骨骼和身体发育的影响。通过比较转基’因动物与野’生型动物的双能X线扫描结果，研究人员可以深入了解特定基因在骨骼和代谢中的作用机制。
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