不管生物肥料的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年始，人们以很大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，有机菌基材，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。
在很多地方，这都是一个非常好的举措，所以，很多地方政府都会对有机肥的生产和使用给予大力的支持，甚至还从经济上进行一定不补贴，以鼓励人们使用有机肥。
堆肥
作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与泥土、人粪尿、垃圾等混合堆置，有机菌基材造价，经好气微生物分解而成的肥料。多作基肥，施用量大，可提供营养元素和改良土壤性状，尤其对改良砂土、粘土和盐渍土有较好效果。
废弃物肥料
以废弃物和生物有机残体为主的肥料。其种类有：生活垃圾；生活污水；屠宰场废弃物；海肥（沿海地区动物、植物性或矿物性物质构成的地方性肥料）。
有机肥料含有植物需要的大量营养成分，对植物的养分供给比较平缓持久，有很长的后效。有机肥料还含有多种微量元素。由于有机肥料中各种营养元素比较完全，有机菌基材供应商，而且这些物质完全是无毒、无害的自然物质，这就为生产高产提供了须条件。有机肥料含有多种糖类，施用有机肥增加了土壤中各种糖类。有了糖类，有了有机物在降解中释放的大量能量，土壤微生物的生长、发育、繁殖活动就有了能源。
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