①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；②组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，原位杂交检测，如EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA的检测；③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；④基因在染色体上的定位；⑤检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些的诊断和生物学剂量测定等。
原位杂交（In situ hybridazation）
固定
收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，荧光原位杂交，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小时后用50%2%多聚甲醛溶液洗，然后换成，原位杂交，在-20C 保存，待用(两天和两天以上的胚胎需要用处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成)
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