在酵母双杂交系统中，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，AD与BD会在空间上充分接近，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有BD质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有AD质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有AD与BD质粒。如果BD上的目的蛋白与AD上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
.杂交 （1） 盛有2×SSC的塑料盘同，将干烤的滤膜飘浮在液面上，浸湿5分钟。（2） 将滤膜转到200ml预洗液的玻璃皿中。滤膜何叠在一起，放于溶液中。用保鲜膜盖住玻璃皿，放到位于培养箱内的旋转平台上。于50℃处理30分钟。在这一步及以后的所有步骤中，应缓缓摇动滤膜，防止它们粘在一起。（3） 用泡过预洗液的吸水棉纸轻轻地从膜表面拭去细菌碎片，以降低杂交背景而不影响阳性杂交信号的强度和清晰度。（4） 将滤膜转到盛有150ml预杂交液的玻璃中，在适宜温度（即在水溶液中杂交时用68℃，而在50%甲酰胺中杂交时用42℃）下，预杂交1-2小时。（5） 将32 P标记的双链DNA探针于100℃加热5分钟，迅速置于冰浴中。单链探针不必变性。将探针加到杂交袋中杂交过夜。杂交期间，盛滤膜的容器应盖严，以防液体蒸发。
原位杂交第二天
1.
1）将探针回收，放于－20C保存（通常探针可重复使用十次左右）。
2）加入50%甲酰胺/2XSSCT溶液1毫升，60℃，放置30分钟，重复一次。
3）置换2XSSCT1ml，60℃，放置15分钟。
4）置换0.2XSSCT1ml，60℃，水稻RNA原位杂交检测服务，放置30分钟，重复一次。
2.
1）用MABT洗两次，每次五分钟，放在摇床轻轻摇动。
2）室温下加1ml 1：2：7溶液，时间为一小时。
3）按1：3000的比例在1：2：7溶液中加入酶连，4C 冰箱过夜。
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