目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、PCR、荧光定量PCR、基因芯片和DNA测序技术DNA原位杂交主要用于基因定位、特异基因(如病原微生物基因)检测等;RNA原位杂交则用于基因表达检测。原位杂交技术的优点是操作简单，tunel检测服务，可直接定位组织，价格低廉，信号稳定，储存方便，可做组织学评价，是目前应用较多的分子病理技术之一。
分子病理应用的检测样本主要包括石蜡组织、新鲜组织、脱落细胞、全血及其他体液等。石蜡切片标本厚度应在4-6μm，切片数量依据组织大小而定。样本质量对检测结果和分析至关重要，病理医师需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血、坏死和不利于核酸检测的前处理(例如含HCl脱钙液处理)，病变细胞(如细胞)的总量和比例，避免假阴性。进行NGS检测前需通过病理诊断明确其的性质及含量，根据不同类型选择合适的基因panel测序。组织标本中细胞含量建议达到20%以上，低于此标准可富集后检测。未经病理评估的基因检测结果不可单独用于分子病理临床诊断目的。
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