在酵母双杂交系统中，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，AD与BD会在空间上充分接近，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有BD质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有AD质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有AD与BD质粒。如果BD上的目的蛋白与AD上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
癌组织原位杂交实验步骤：
1. 将准备做原位杂交的样本常规脱水、浸蜡、包埋。切片厚度6-8μm。
2. 玻片的处理：一般采用多聚赖氨酸或APES。
3. 石蜡切片经常规脱蜡至水。30%H2O2 1份+蒸馏水10份混合，室温5-10分钟以灭活内源性酶。蒸馏水洗3次。
4. 暴露mRNA核酸片段：切片上滴加3%柠檬酸新鲜稀释的胃蛋白酶（1ml 3% 柠檬酸加2滴浓缩型胃蛋白酶，混匀），分子病理技术服务，37℃或室温消化3--30分钟（视标本新旧、厚薄自行调整）。原位杂交用PBS洗3次×5分钟。蒸馏水洗1次。
适用场景
1、高灵敏度地检测蛋白-蛋白的交互作用；
2、寻找在蛋白-蛋白交互作用中起关键作用的结构域或活性位点；
3、寻找与靶蛋白相互作用的新蛋白；
4、寻找具有药1物治1疗作用的小分子多肽；
5、寻找调控蛋白质相互作用的化合物；
6、绘制蛋白质相互作用图谱。
酵母双杂交技术的优点
1、无需纯化蛋白；
2、检测在活1细胞内进行，可以在一定程度上代表体内的真实情况；
3、检测的结果是基因表达产物的积累效应，因而可检测存在于蛋白质之间的微弱的或暂时的相互作用；
4、酵母双杂交系统可采用不同组织、器1官、细胞类型和分化时期材料构建cDNA文库，并能分析细胞质、细胞核等多种亚细胞部位的蛋白。
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