植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
原位杂交杂交液
（一）杂交液内除含一定浓度的标记探针外，还含有较高浓度的盐类、甲酰胺、硫酸葡聚糖、牛白蛋白及载体DNA或RNA等。
（二）杂交液中含有较高浓度的Na+可使杂交率增加，可以减低探针与组织标本之间的静电结合。
（三）贾酰胺可使杂交温度降低，所以杂交液中加入适量的甲酰胺，ISH，可避免因杂交温度过高而引起的组织形态结构的破坏以及标本的脱落。
（四）硫酸葡聚糖能与水结合，原位杂交，从而减少杂交液的有效容积，提高探针有效浓度，以达到提高杂交率的目的。
原位杂交是一种生物学技术，它可以在细胞或组织中特定部位检测DNA或RNA的存在，而不需要将DNA或RNA分离出来。这项技术使用标记的DNA或RNA探针，荧光原位杂交，与细胞或组织中的相应DNA或RNA进行特异性结合，然后通过光学显微镜或电子显微镜观察探针的位置和数量。
原位杂交的原理很简单。DNA或RNA分子具有互补的核苷酸序列，因此可以通过氢键相互结合。将标记的DNA或RNA探针与细胞中的DNA或RNA进行杂交，可以特异性地检测这些探针的位置和数量。探针的数量和位置可以反映DNA或RNA在细胞中的水平和分布。
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