将32 P标记的双链DNA探针于100℃加热5分钟，原位杂交检测，迅速置于冰浴中。单链探针不必变性。将探针加到杂交袋中杂交过夜。杂交期间，盛滤膜的容器应盖严，染色体原位杂交，以防液体蒸发。
杂交结束后，去除杂交液，染色体荧光原位杂交，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，轻轻振摇5分钟，原位杂交，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景很高或实验要求严格的洗膜条件，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
原位杂交（In Situ Hybridization）是指将特定标记的已知核酸序列为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸序列进行定量定位的过程。这个技术可以用于研究细胞或组织中特定基因或DNA序列的表达和定位，从而帮助研究者深入理解和探究生物学过程。原位杂交有几种不同的类型，包括荧光原位杂交和其他用于基因表达分析的方法。
原位杂交是在分子生物学领域应用极为广泛的实验技术之一，是在研究生物体发育过程中的一种极为重要的分子遗传学的研究方法。其英文名为in situ hybridization，其中in situ为拉丁文，原义是"in its natural ition". 字面的意思理解就是说在其原来的天然的位置处杂交。原位杂交主要是基于以下这个主要原理：单链的DNA或者RNA只要他们的序列是互补的，即符合AT，CG的碱基配对原则，那么这样的两条核酸链之间（DNA-DNA，DNA-RNA，RNA-RNA）就可以形成一个稳定的杂交复合体。
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