1. 叶绿体
叶绿体是植物细胞中重要的细胞器之一，它们负责进行光合作用，将光能转化为化学能。为了定位叶绿体，我们可以使用一种名为荧光素的化合物来标记它们。荧光素可以被叶绿体中的叶绿素吸收，蛋白免疫定位，从而发出绿色荧光。在洋葱细胞中，叶绿体通常位于细胞的边缘或周围。
2. 线粒体
线粒体是细胞中的另一个重要细胞器，它们负责产生细胞所需的能量。为了定位线粒体，我们可以使用一种名为MitoTracker的化合物来标记它们。MitoTracker可以穿过细胞膜并进入线粒体，从而发出红色荧光。在洋葱细胞中，线粒体通常位于细胞的中央或周围。
洋葱亚细胞定位的方法包括但不限于以下三种：
荧光法：利用抗原与的特异性结合，在细胞内产生荧光标记，从而确定细胞内抗原的分布位置。
GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞分离法：通过一定的物理或化学方法，将细胞进行破碎，然后通过离心、密度梯度离心等方法将细胞器分离出来，再对分离出来的各个细胞器进行成分和结构分析。
为什么不先对一个基因做预测，在预测的结果上直接做共定位？
不同的预测网站有不同的计算方法，同一个基因在不同的预测网站也可能得出不同的定位结果。另外所有的结果都应是基于实验得到的，对于不清楚可能定位在哪里的基因，一般推荐先做普通定位，根据普通定位的结果再决定做哪种细胞器的共定位。
为什么有的基因做原生质体转化时荧光蛋白不亮？
不同物种的细胞可能对基因表达有影响，当在一种材料的原生质体中观察不到荧光时，可以考虑换一种受体材料。另外，如果是分泌蛋白，在原生质体中无法观察到荧光，此时可以考虑注射叶片来观察荧光。
拍摄时为什么有明场通道？
（1）显示细胞状态，有活力的原生质体细胞应该是饱满圆润的，变形或破碎的细胞说明此时细胞不是适状态或细胞已。
（2）显示荧光确实是细胞内蛋白表达的，而不是细胞碎片及杂质产生的杂光。
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