税收要鼓励物流业务的整合，长途运输厂家，提升物流企业的供给能力。现行税收政策的某些方面对于物流行业发展有制约作用。应该利用的管理技术和信息系统对传统的物流资源进行整合。但在实践中由于物流总代理商首先一票对客户，然后转包业务(如仓储、运输)到各合作单位时，存在重复纳税的问题，影响了总代理商整合业务的开展。说明税收制度不利于物流的“集零为整”。物流不整合就不能降低成本、提益。
在条块分割、多头管理的传统模式影响下，我国各种物流基础设施的规划和建设缺乏必要的协调，因而物流基础设施的配套性、兼容性差，导致系统功能不强。各种运输方式之间、不同地区运输系统之间相互衔接的枢纽设施建设方面缺乏投入，对物业发展有重要影响的各种综合性货运枢纽、物流基地、物流中心建设发展缓慢。我国物流系统一般技术水平低，长途运输公司，装备落后。在仓储设施方面，第三方物流企业拥有的仓库70%是普通平房仓库，现代化立体自动化仓储设施比例极低，具有冷藏、保鲜、气调功能的仓库更少。
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