植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因表达模式研究：通过植物原位杂交技术可以检测特定基因在不同组织或不同生长条件下的表达模式，有助于了解基因的功能和作用机制。
植物基因组研究：植物原位杂交技术可以用于基因组研究，例如染色体构象、基因组变异和基因组进化等方面，有助于深入了解植物基因组的特征和结构。
菌落的裂解及DNA结合于纤维素滤膜
（1） 在一张保鲜膜上制作一个装有0.5mol/L NaOH的小洼（0.75ml），使菌落面朝上，将滤膜放到小洼上，展平保鲜膜，使滤膜均匀湿润，染色体原位杂交，让滤膜留于原处2-3分钟。
（2） 用干纸巾从滤膜的下方吸干滤膜，用一张新的保鲜膜和新配制的0.5mol/L NaOH重复步骤（1）。
（3） 吸干滤膜，将滤膜转移到新的带有1mol/L Tris·Cl(pH7.4）的保鲜膜洼上。5分钟后吸干滤膜，再重复一次该步骤。
（4） 吸干滤膜，把它转移到有1.5mol/L NaCl、0.5mol/L Tris·Cl (pH7.4）的保鲜膜小洼上5分钟后吸干滤膜，转移到一张干的滤纸上，置于室温20-30分钟，使滤膜干燥。
（5） 将滤膜夹在两张干的滤纸之间，在真空烤箱中于80℃干烤2小时，固定DNA。
（6） 将固定在膜上的DNA与32 P标记的RNA进行杂交。
同一样本可以多次做原位杂交实验吗?
一般情况下，如果操作没有得到理想的结果，是可以将探针洗涤然后进行再次的杂交的。如果使用的是直标型探针，还可以使用不同探针对同一样本进行反复杂交。针对不同的样本，处理方法略有不同。
原位杂交实操中哪些因素比较重要?
重要的因素：温度、光照、湿度和试剂的PH值。温度和湿度直接影响着探针和目标DNA的杂交效率；光照影响着荧光染料的强度，所以探针要避光保存，其已经杂交的片子可用防荧光淬火剂封片且避光保存；各种试剂pH也要达到要求，这也直接关系到原位杂交的稳定性。
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