但生产型UVI系统的后期维护，对技术的要求较高。UVI模式系统中，微生物多样性受人为控制因素（PH、T 、DO）的影响而受到破坏，因而，UVI系统需要根据水质理化指标向系统中加入微生物制剂，以维持微生物的多样性来确保营养物质的有效矿化。此外，部分有机物质在沉淀之后被排放到了系统之外，而溶解于水体当中的有机物质满足不了植物生长对营养的需求，这导致了UVI系统早期植物缺素的生理异常，同时养殖水体酸等一系列问题都需要技术维护来保持系统的生态平衡。
在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，鱼菜共生系统，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，才能再次流入到养殖区域中。
硝化床栽种法：养殖水体与种植系统分离，两者之间通过砾石硝化滤床设计连接，养殖排放的废水先经由硝化滤床（或槽）的过滤，硝化床上通常可以栽培一些生物量较大的瓜果植物，以加快有机滤物的分解硝化。经由硝化床过滤而相对清洁的水再循环入水培蔬菜或雾培蔬菜生产系统作为营养液，用水循环或喷雾的方式供给蔬菜根系吸收，经由蔬菜吸收后又再次返回养殖池，以形成闭路循环。这种模式可用于大规模生产，系统稳定。
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