三相分离器的结构分为分离沉降室和油室。油、气、水混合物来液进入三相分离器，经整流器、波纹板组、斜板组等后大部分液体沉降到分离沉降室的液相区，少部分液体靠液体重力继续沉降，剩余的液体经除雾器进一步分离后，气体通过压力调节阀进入天然器系统。沉降下来的油、水混合液停留一段时间后因密度的差别逐渐进行分层，水沉积在集水包和液相区的底部，液相区的上部为油层。当油层的液位高出隔油板顶部时则慢慢流入油室内，然后由油室下部的出油口排出。液相区的水沉降分离到沉降室的底层，并且经过出水阀排出。
对于重点部位的保护。重点部位的保护通常都是指文中所说的波纹板以及散液板，通常来讲，及出口的散液板在每一次开工前，厌氧池三相分离器，都必须做检查，一定要保持其完整性，加强抗冲击能力，并防止加固材料的开焊等情况发生。再有就是对散液板的加固，大程度的保证液流可以均匀的三开，达到稳流的状态。而除却这些相关的解决措施，使用耐腐蚀材料来制作波纹板的固定支架也是非常好的选择，但除了耐腐蚀之外，还需要注意材料的抗冲击力强弱。
传统三相分离器虽然构造简单，但是泥水分离情况不佳，在回流缝处同时存在上升和下降两股液体，相互干扰，污泥回流不通畅，造成跑泥严重，使UASB反应器需要定期补充污泥，增加物力和人力成本。传统三相分离器回流的污泥通过自然重力沉降返回反应区，在沉降的过程中可能再次和沼气气泡结合而上升到三相分离器，或通过局部水力作用上升到三相分离器，难于发挥活性污泥的作用。
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