和其它实验方法一样，原位杂交检测，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，原位杂交，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，染色体原位杂交，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，染色体荧光原位杂交，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。
原位杂交技术的技术流程
原位杂交技术的技术流程包括样本处理、探针制备、杂交反应和信号检测等步骤。样本处理包括组织或细胞的固定、包埋、切片和脱氧核糖核酸酶消化等步骤，目的是保持组织或细胞的原始结构和核酸序列的完整性。探针制备包括标记探针、纯化和变性等步骤，目的是提高探针的特异性和敏感性。杂交反应包括预杂交、杂交和洗脱等步骤，目的是使探针与目标核酸序列形成双链复合物。信号检测包括显色反应、荧光染色和性同位素标记等步骤，目的是可视化目标核酸序列的分布。
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