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在ISHH，染色体原位杂交，整个实验周期是比较长的，实验程序也比较繁杂，原位杂交，而杂交在ISHH整个实验中可被认为是“短兵相接”的一步。杂交前的一切准备工作如增加组织通透性都是为了在杂交这一步骤中核酸探针能进入细胞或组织与其内的靶核苷酸相结合。因此，植物原位杂交，杂交是ISHH中关键的而且是重要的一个环节。杂交是将杂交液滴于切片组织上，加盖硅化的盖玻片，防止孵育过程中的高温（50℃左右）导致杂交液的蒸发。为保证杂交所需的湿润环境，可将其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中进行孵育。杂交液的成分和预杂交液基本相同，所不同的是加入了标记的核酸探针和硫酸葡聚糖。




原位杂交法是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行定量定位的方法。原位杂交法可以在细胞标本或组织标本上进行。另有荧光原位杂交使用DNA或者RNA探针来检测与其互补的另一条链在细菌或其他真核细胞中的位置RNA原位核酸杂交又称RNA原位杂交组织化学或RNA原位杂交。

荧光原位杂交（Fluorescence In Situ Hybridization，原位杂交检测，FISH）是在性原位杂交技术基础上发展起来的一种非性分子生物学和细胞遗传学结合的新技术，是以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。

FISH技术具有许多优点，如非性、高特异性、高灵敏度、快速简便、可多重染色等。这些特点使得FISH技术在细胞生物学和临床医学领域得到了广泛应用，例如用于研究基因表达、基因组变异和染色体异常等。

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