在预测阶段，研究人员会利用机器学习算法和已知的基因表达数据来训练模型，荧光定量，从而识别出可能与特定基因表达相关的启动子序列。这些预测的启动子序列将被用作进一步实验的基础。
在实验验证阶段，研究人员会将这些预测的启动子序列与报告基因（如荧光蛋白）一起插入植物的基因组中，然后观察报告基因的表达情况。如果报告基因的表达模式与预期相符，那么就可以认为这个启动子在促进特定基因的表达方面起着关键作用。
除了洋葱亚细胞定位，还有许多其他亚细胞定位方法。其中，比较常见的有：
荧光法：将学方法与荧光标记技术结合起来研究特异蛋白抗原在细胞内分布的方法。由于荧光素所发的荧光可在荧光显微镜下检出，从而可对抗原进行细胞定位。用荧光技术显示和检查细胞或组织内抗原或半抗原物质等也称为荧光细胞(或组织)化学技术。
GFP融合蛋白表达法：将目的蛋白与绿色荧光蛋白(GFP)融合，通过荧光显微镜观察绿色荧光蛋白的表达位置。
亚细胞结构分离定位法。
洋葱亚细胞定位 如何定位重要细胞器 亚细胞定位办法就是用来肯定细胞内分子在细胞中的位置的一种办法。如何使用荧光显微镜技术来定位洋葱细胞中的一些重要细胞器。
植物细胞是由许多不同的细胞器组成的，这些细胞器在细胞内扮演着不同的角色。为了研究这些细胞器的功能和位置，科学家们使用各种技术来对它们进行定位。其中一种常用的技术是荧光显微镜技术，它可以通过标记特定的蛋白质或化合物来观察它们在细胞内的位置。
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