经保税区出口的货物，即报关单上的运输方式显示“非保税区”，有两种业务模式：
一是销售给境外但按客户要求运入保税区仓储后离境；
二是直接出口货物，但需要进保税区拼箱。
这两类经保税区出口的货物在申报出口退税时，新金税三期申报系统中必须要在明细申报表中的“业务类型代码”栏勾选BSQ，否则无法申报。
出口企业在申报运输方式显示“非保税区”报关的退税时，会有疑点提示，综合退税报关，提示税务机关审核出境备案清单内容及企业填写的出口日期是否准确。其中这个出口日期，由于24号公告中对这类货物的退税率等是以备案清单的出口日期来判断，因此，出口退税申报系统中要求申报的出口日期是以出境备案清单显示的出口日期来填写。
拼箱货一般不能接受某具体船公司，船公司只接受整箱货物的订舱，综合退税报关报价，而不直接接受拼箱货的订舱，只有通过货运代理(个别的船公司通过其物流公司)将拼箱货拼整后才能向船公司订舱，几乎所有的拼箱货都是通过货代公司“集中办托，集中分拨”来实现运输的，华东地区的拼箱集散港基本上为上海港。一般的货运代理由于货源的局限性，只能集中向几家船公司订舱，很少能满足船公司的需求，因此在成交拼箱货时，尽量不要接受船公司，综合退税报关公司，以免在办理托运时无法满足要求。
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