植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传疾病的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。
植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境胁迫的抗性机制，荧光原位杂交，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境胁迫下的生理和分子响应机制。
植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。
原位杂交：
原位杂交是指用特定探针定位、检测DNA、RNA的一种有效的实验方法，通过把特点序列客隆到特殊载体上，原位杂交试剂，通过转录酶反转一条天然的RNA探针，将探针和切片样品进行杂交，通过一系列显色方法，来确定RNA或者DNA表达区域；本中心原位杂交探针采用的是第高辛和生物素标记，灵敏度和同位素相当。 我们采用roche标记及显色试剂盒，GISH/ISH/FISH按照探针进行收费，原位杂交，每个试剂盒每条探针可以杂交60-80张玻片，收费为1万5千元，GISH杂交因需要加抗淬灭剂每条探针收费为1万9千元。量大优惠！
原位杂交技术(In situ hybridization，ISH)是分子生物学、组织化学及细胞学相结合而产生的一门新兴技术，始于20世纪60年代。1969年美国耶鲁大学的Gall等(1969)首先用爪蟾核糖体基因探针与其卵母细胞杂交，将该基因进行定位，与此同时Buongiorno—Nardelli和Amaldi等(1970)相继利用同位素标记核酸探针进行了细胞或组织的基因定位，从而创造了原位杂交技术。自此以后，由于分子生物学技术的迅猛发展，特别是20世纪70年代末到80年代初，分子、质粒和噬菌体DNA的构建成功，为原位杂交技术的发展奠定了深厚的技术基础。
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