系统运行过程
在水循环中，把水中的剩余鱼食、粪便等过滤收集在反应器中，并经过有压厌氧的微生物发酵。在发酵后会有氮氨等元素的形成，在进入到硝化菌区进行分解，鱼菜共生基地，转化成可以作物植物吸收的成分。
⑵硝化种植系统
①系统基本结构
在整个消化种植系统包括种植管、硝化球、发酵分解过滤袋等设备和结构单元构成，实现对于大分子有机物的收集、发酵、分解硝化和植物吸收的作用。
目前，鱼菜共生行业中对于“鱼”的选择中比较成功的大概是：罗非鱼、鲤鱼、鲫鱼、草鱼、宝石鲈鱼、池塘淤泥、加州鲈鱼、澳洲淡水石斑鱼等，而观赏鱼可以喂养锦鲤、斗鱼、金鱼等。另外还有南美对虾，在鱼菜共生模式有不少的成功案例，毕竟南美对虾的价格还是不错的。
鱼菜共生系统中的菜，它只是作物附属的产品存在，原因上面也简单说了，大体就是这个意思。而对于这个菜的种植方式而言，基本以无土栽培模式。其中也就是水培模式或者基质栽培模式，主要是利用鱼粪给蔬菜种植的养分供给。
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