微滤机的功能是去除循环水中固态悬浮，对循环水系統中生物滤床的硝化作用有正面的影響。氨氮转化菌的生长需要一定的有机物， 但是鱼类排泄物及饵料残渣使养殖水体的有机物含量过高，会引发有机物消化菌的繁殖，并与氨氮转化菌在生物膜中竞争生长空间、溶解氧及营养物。由于，有机物消化菌的繁殖率比氨氮转化菌要快得多，这将造成养殖系统生物过滤器氨氮去除率降低。
假如想要微滤机来除去残饵与排泄物，做到改进水体的目地，通常是得不偿失，旋转微滤机，会造成始料未及的难题。这类方式不但不可以改进水体，反倒是帮倒忙，越帮就越忙，乃至会加快了水体的恶变。这是由于本不应该进到微滤机的残饵与排泄物在微滤机中被振荡、摧毁。会造成了很多的、微滤机没法阻拦的、微小的有机化合物。这种有机化合物根据微滤机的过滤网进到将被解决的冷却循环水水质中。这不只是提升了事后加工工艺的解决承担，会毁坏了事后的微生物工艺处理。乃至使微生物解决系统软件偏瘫。
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