鱼菜共生的技术原理就是自然界物质循环的方式之一（图1），即以水为媒介，建立水产养殖动物与植物，植物与微生物以及微生物与微生物之间的互利共生机制，鱼菜共生基地，
以促进微生物对养殖有机废弃物的矿化分解和植物对营养物质的吸收利用，从而实现“养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长”的生态共生效应。
鱼菜共生系统中，随着鱼类排泄物和饲料残渣的增多，异养微生物（包含氨化菌）首先开始繁殖，有机废物被分解并矿化为小分子营养物质，为自养菌（包含硝化细菌）的繁殖提供了条件。其中，有机物质当中的含氮物质经氨化作用转化为氨氮（NH3-N），在硝化细菌的作用下，NH3-N被氧化为NO2-N，并进一步被氧化为NO3-N，致使NH3-N以及NO2-N含量逐渐下降并趋于零，而NO3-N含量逐渐上升。此时，微生物的代谢旺盛，系统对有机物质的净化能力强。故NO3-N的出现是系统微生态开始建立的主要标志。养殖有机废弃物在微生物的作用下被逐级矿化，继而成为养分被植物根系吸收，从而实现对养殖水体的净化。
每养殖100亩水面，可种植水培蔬菜10～20亩，相对传统养殖模式来说，提高单位面积产出率和收益率，增加了养殖户的经济效益，另一方面通过该种养模式净化养殖水体，可节约养殖过程的换水量以及降低养殖废水的排放量，实现了经济效益和生态效益双赢，是一种值得推广的养殖模式。鱼菜共生系统实现养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长的生态共生效应，产出绿色无污染的健康农产品。
维护成本：鱼菜共生的维护成本与其初始成本成正比。安装成本低于其他现代耕作方法。在许多机构中，鱼菜系统安装实用，增加了该领域技术人员的数量。由于技术人员数量的增加，安装成本低且负担得起。同样，这种农场在建立后也不需要太多关注。收入：当今世界，很多人都以耕作作为主要的耕作来源。鱼菜共生是农民的良好农业来源。可以出售水产养殖和水培产品，增加农民收入。如果鱼废料过多，农民也可以出售。
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