与国内电商物流相比，物流仓储，跨境电商物流运输距离较远，且面临出口国和进口国两重海关，需要进行较复杂的检验检疫等清关商检活动，货物破损、丢失等风险相对较高，时间长而成本高，物流仓储报价，面临不同国家或地区的经济、文化、风俗、政治、政策、法律、等环境因素差异的影响;而国内电商物流在运作流程上相对更加便捷，运送周期短，运作风险与成本低。
现代物流的管理，涉及计划、经贸、财税、工商、内贸、外贸、铁道、交通、民航、邮政、信息、海关、质检等多个部门；现代物流的运作横跨不同的行业和地区，必须协调动作，形成合力。物流必然和多个部门有关，在日本经济产业省设立专门机构物流科负责协调政策管理，我国如果在当前机构改革中明确设立物流部门，物流仓储企业，对于物流现代化的推进必然具有重大意义。各级都应该加强对发展现代物流的统一领导，建立必要的部门间的综合协调机制，负责研究、制定发展现代物流的规划，并负责协调现代物流发展中的相关政策措施，为构建统一、的现代物流体系创造体制环境。
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