清洗消毒时，要先关闭进水阀门等阀门，将水箱中的水通过排水管排净。清洗消毒人员遵循先池顶后底，水池清洗抽样，由里向外的原则，对水箱进行清刷除垢。洗刷和检查完毕，开排水阀或启动潜水泵，排尽污水并用清水冲清，关闭排水阀或潜水泵。用已配成消毒液对内壁自上而下，由里向外，均匀地喷涂箱(池)壁表面，可涂刷至入孔口，退出箱(池)，盖上孔盖。
不锈钢水箱作为存储生活用水的二次机器设备，只能存储生活用水(消防水)，不能存储盐酸、硫酸、酸性碱性较大的液体。不锈钢水箱入孔盖不要随便开启，避免水质受到二次污染，水箱每年定期清洁、消毒和杀菌1-2次。在水箱的清洗过程中关闭进水阀，水池清洗，打开排污孔堵口，使水箱中的余水排尽，随后对水箱内部进行清理，水池清洗项目，在清洗过程中可多次打开进水阀门对水箱内部污垢进行冲洗，直到水箱内部清洁为之。
一般二次供水水箱底部积垢为严重部位，周边在二次供水水箱内部的加强筋部分（拉筋）积垢较为严重，一般采用加压反冲洗可清洗干净。必要时，可以对水箱内部进行多次冲洗直到满意清洗干净为止。必要时，可以通过水箱消毒剂对水箱内部进行消毒清洗。清洗完后，水池清洗消毒，打开进水阀门注入50~100mm水位，再次将水箱底部进行一次排污处理。排完后，再关闭排污阀、打开进水阀对二次供水水箱注水正常使用。到此清洗工作结束。
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