DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，原位杂交检测，可能无法正确检测。
原位杂交技术在其他生物领域也有广泛的应用，例如：
植物学研究：在植物学研究中，原位杂交技术可以用于检测和定位特定基因的表达，研究基因组结构和进化。此外，还可以应用于植物染色体组型分析、基因组印记研究等方面。
微生物学研究：在微生物学领域，原位杂交技术可以用于研究细菌、病毒等微生物的基因表达和定位，以及它们在环境中的分布和相互作用。例如，原位杂交，通过标记特异性探针，可以检测肠道微生物群落中的特定，研究其在人体健康和疾病发生中的作用。
原位杂交（In Situ Hybridization）是指将特定标记的已知核酸序列为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸序列进行定量定位的过程。这个技术可以用于研究细胞或组织中特定基因或DNA序列的表达和定位，从而帮助研究者深入理解和探究生物学过程。原位杂交有几种不同的类型，包括荧光原位杂交和其他用于基因表达分析的方法。
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