染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，植物组织原位杂交测试服务，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
分子病理学是与分子生物学、细胞遗传学等学科相互渗透，在蛋白质和核酸等生物大分子水平上研究疾病病因、发病机制、形态变化及功能损害等方面发生和发展规律的新的分支学科，对疾病的病因、发展、发病机制及形态变化，从传统形态学概念深入至分子或基因水平，分子病理已成为肿1瘤病理研究中重要的内容和手段。①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
原理
原位杂交技术是在一定的温度和离子浓度下，使具有特异序列的单链探针通过碱基互补规则与组织细胞内待测的核酸复性结合而使得组织细胞中的特异性核酸得到定位，并通过探针上所标记的检测系统将其在核酸的原有位置上显示出来。
经特定标记的核苷酸链为探针，可与组织切片、细胞或染色体标本中的待检DNA片段或mRNA进行杂交，然后显示标记物，从而分析待检核酸的分布和含量。利用此项技术可研究各种基因在染色体上的定位，编码某种蛋白质的mRNA在胞质中的表达。
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