核酸原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测核酸的不同又可分为DNA-DNA，植物组织原位杂交， RNA-DNA， RNA-RNA杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，荧光原位杂交，冲等一系列洗步骤及自显影或酶法显色以显示杂交结果。
我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，动物组织原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，
基因组原位杂交技术基因组原位杂交(Genome in situ hybridization，GISH)技术是20世纪80年代末发展起来的一种原位杂交技术。它主要是利用物种之间DNA同源性的差异，用另一物种的基因组DNA以适当的浓度作封阻，在靶染色体上进行原位杂交。GISH技术初应用于动物方面的研究(Pinkel et al.，原位杂交，1986)，在植物上早应用于小麦和栽培种的鉴定(余舜武等 2001；王文奎等 2000)。
根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。
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