如果数量比报关单上的数量少，就要等到此商品的数量等于或者大于报关数量才能进行退税（如果数量大于报关单数量，余下的数量可放在此商品的下一批报关单申报退税，但终此商品的进项数量应等于报关出口数量），然后在增值税综合服务平台对符合要求的进项进行退税勾选。
（二）运入保税区的货物，如果属于出口企业销售给境外单位、个人，境外单位、个人将其存放在保税区内的仓储企业，离境时由仓储企业办理报关手续，海关在其全部离境后，签发进入保税区的出口货物报关单的，保税区外的生产企业和外贸企业申报退（免）税时，除分别提供本办法第四、五条规定的资料外，还须提供仓储企业的出境货物备案清单。确定申报退（免）税期限的出口日期以后一批出境货物备案清单上的出口日期为准。
经保税区出口的货物，报关服务代理，即报关单上的运输方式显示“非保税区”，有两种业务模式：
一是销售给境外但按客户要求运入保税区仓储后离境；
二是直接出口货物，但需要进保税区拼箱。
这两类经保税区出口的货物在申报出口退税时，新金税三期申报系统中必须要在明细申报表中的“业务类型代码”栏勾选BSQ，否则无法申报。
出口企业在申报运输方式显示“非保税区”报关的退税时，会有疑点提示，提示税务机关审核出境备案清单内容及企业填写的出口日期是否准确。其中这个出口日期，报关服务公司，由于24号公告中对这类货物的退税率等是以备案清单的出口日期来判断，因此，出口退税申报系统中要求申报的出口日期是以出境备案清单显示的出口日期来填写。
离境结关
进口申报清单放行后，西双版纳报关服务，跨境电商出口商品通过运输工具运输离境，对应进口申报清单结关。
（4）汇总申报
跨境电商零售商品出口后，跨境电商企业或其代理人应当于每月15日前按规定汇总上月结关的进口申报清单形成出口报关单，允许以“清单核放、汇计”方式办理报关手续的，则不再汇总。
9610模式的优势1、传输交易订单、物流单，支付信息，全程无纸化，增加透明度，简化申报手续。2、在综试区所在地海关通过出口统一版申报，符合条件的清单，可申请按照4位HS编码简化申报。3、可按照“跨境电商”类型办理转关。4、符合条件的企业可申请出口退税5、符合条件的交易可申请退货。
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