油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，燃油舱 清洗，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。
每艘船完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。
残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，轮船清洗油舱，包括管道、沉淀柜和日用柜。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，阜阳油舱清洗，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
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