造成系统误差的来源主要有以下几点：方法误差：方法误差指的是由于食品理化检验分析方法本身导致的误差，这个误差是不可避免的，因此经常会出现检验结果偏低或者偏高的情况。例如在食品理化检验中进行重量分析时，沉淀的溶解就容易导致误差;在滴定过程中没有反应完全，或者因滴定终点与计量点不相符而导致发生副反应;高温检验导致某些易挥发的物质出现了挥发现象。
近些年，环境污染的加剧和生态平衡的不断破坏，使得有可能导致人类、影响大家身体健康的致病类也越来越多，病源微生物对人类的威胁越来越大。若果是采用传统的微生物检测方式，很难对那些不合格或受污染的生鲜食材及时发现和采取有效地预防措施，除此之外，目前比较传统一点的微生物检测不能够灵活的移动到食品安全发进行监控和检测，这就限制了相关部门快速发现问题和解决问题的能力。
样品检测重复检测机构的重复设置、缺乏特色，食品生产许可证怎么办理，必然带来重复检测，如牛奶的检测，原料乳由农业检验机构检测一遍;到企业生产过程中，企业、质检部门的检测机构再检测一遍、进入流通领域后工商部门又检测一遍，其结果必然导致热点问题、热点食品每个部门都去检测，而有些食品检测项目则无人问津。致使检验人员天天满负荷工作，没有时间研究新的危害因素，从而导致刚解决完一个食品安全问题，又曝出一个新问题，检测机构疲于一个接一个的检测任务。
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