在原位杂交过程中，原位杂交，需要使用标记的核酸探针，通常是在性核素或非性物质中标记的。这些探针可以通过不同的方式制备，例如从已知序列的DNA或RNA制备，或者通过使用生物信息学方法设计和合成新的探针。
在进行原位杂交时，细胞或组织需要固定在适当的支持物上，例如载玻片。然后，探针与细胞或组织中的DNA或RNA进行杂交，通常是在加热条件下进行的。接下来，染色体原位杂交，通过洗涤和显影步骤去除未结合的探针和信号增强剂，后用显微镜观察杂交信号的位置。
根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。
原位杂交技术还在以下生物领域有应用：
生态学和环境科学：在生态学和环境科学领域，染色体荧光原位杂交，原位杂交技术可以用于研究生物与环境之间的相互作用。例如，通过标记特定基因的探针，原位杂交检测，可以检测环境中微生物种群的分布和变化，进而研究其对环境的影响和作用。
进化生物学：在进化生物学领域，原位杂交技术可以用于研究物种之间的遗传差异和进化关系。例如，通过比较不同物种之间基因序列的差异，可以揭示物种之间的亲缘关系和进化历程。
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