1、组织取材：组织取材应尽可能新鲜。由于组织RNA降解较快，所以新鲜组织和培养细胞在30 min 内固定。
2、细胞组织固定目的与注意事项：
（1）保持细胞结构；
（2）大限度地保持细胞内DNA或RNA的水平；
（3）使探针易于进入细胞或组织。
常用的固定剂是多聚甲醛，与其它醛类固定剂不同，多聚甲醛不会与蛋白质产生广泛的交叉连接，因而不会影响探针穿透入细胞或组织。
癌组织原位杂交实验步骤：
1. 将准备做原位杂交的样本常规脱水、浸蜡、包埋。切片厚度6-8μm。
2. 玻片的处理：一般采用多聚赖氨酸或APES。
3. 石蜡切片经常规脱蜡至水。30%H2O2 1份+蒸馏水10份混合，室温5-10分钟以灭活内源性酶。蒸馏水洗3次。
4. 暴露mRNA核酸片段：切片上滴加3%柠檬酸新鲜稀释的胃蛋白酶（1ml 3% 柠檬酸加2滴浓缩型胃蛋白酶，混匀），37℃或室温消化3--30分钟（视标本新旧、厚薄自行调整）。原位杂交用PBS洗3次×5分钟。蒸馏水洗1次。
杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×SSC和0.1% SDS溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×SSC和0.1% SDS溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景很高或实验要求严格的洗膜条件，植物染色体原位杂交检测服务，可用300-500ml 0.2×SSC和0.1% SDS的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。
用第二张保鲜膜盖住滤膜。加X片并加上增感屏于-70℃曝光12-16小时。
底片显影后，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。
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