鱼菜共生的技术原理就是自然界物质循环的方式之一（图1），即以水为媒介，建立水产养殖动物与植物，植物与微生物以及微生物与微生物之间的互利共生机制，
以促进微生物对养殖有机废弃物的矿化分解和植物对营养物质的吸收利用，从而实现“养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长”的生态共生效应。
鱼菜共生系统中，随着鱼类排泄物和饲料残渣的增多，异养微生物（包含氨化菌）首先开始繁殖，鱼菜共生技术，有机废物被分解并矿化为小分子营养物质，为自养菌（包含硝化细菌）的繁殖提供了条件。其中，有机物质当中的含氮物质经氨化作用转化为氨氮（NH3-N），在硝化细菌的作用下，NH3-N被氧化为NO2-N，并进一步被氧化为NO3-N，致使NH3-N以及NO2-N含量逐渐下降并趋于零，而NO3-N含量逐渐上升。此时，微生物的代谢旺盛，系统对有机物质的净化能力强。故NO3-N的出现是系统微生态开始建立的主要标志。养殖有机废弃物在微生物的作用下被逐级矿化，继而成为养分被植物根系吸收，从而实现对养殖水体的净化。
硝化床栽种法：养殖水体与种植系统分离，两者之间通过砾石硝化滤床设计连接，养殖排放的废水先经由硝化滤床（或槽）的过滤，硝化床上通常可以栽培一些生物量较大的瓜果植物，以加快有机滤物的分解硝化。经由硝化床过滤而相对清洁的水再循环入水培蔬菜或雾培蔬菜生产系统作为营养液，用水循环或喷雾的方式供给蔬菜根系吸收，经由蔬菜吸收后又再次返回养殖池，以形成闭路循环。这种模式可用于大规模生产，系统稳定。
种养分离（松耦合）系统，通过将系统分隔为三个独立的板块进行运转，即养殖区，微生物处理区（矿化处理区），种植区。养殖产生的有机废弃物被单独分离，不参与系统循环，经发酵系统制成液态有机肥，再输入到栽培区，同时将外源基质肥作为二培基质，共同为蔬菜提供养料。而被过滤后的水体被生物滤池处理后再回到养殖区。系统运行中，以youzhi的条件来对三个板块进行独立操控，因此，对于系统水体理化指标，生物质因素的改变，则是采取分隔处理的原则，同时满足养殖鱼类，微生物以及植物对不同环境条件的需求。
而智能化鱼菜系统则是基于UVI模式系统或/和种养分离（松耦合）系统的基础再融入现代农业技术，通过增加设施设备投入来优化生产环境，控制系统各个板块的反应进程来建设系统和实现生产管理。
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